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선거 끝나자 부동산 세제 개편 시동… 장특공제 손질·보유세 강화 거론

조선비즈|김유진 기자|2026.06.05

서울 남산에서 바라본 서울 아파트 단지 모습. /뉴스1
서울 남산에서 바라본 서울 아파트 단지 모습. /뉴스1

6·3 지방선거가 끝나면서 정부의 부동산 세제 개편 논의가 속도를 낼 전망이다. 실거주 중심 과세 원칙에 따라 양도소득세 장기보유특별공제(장특공제) 개편과 보유세 강화 방안이 검토되고 있다. 시장에서는 비거주 1주택자와 초고가 주택 보유자를 겨냥한 세 부담 확대 가능성에 촉각을 곤두세우고 있다.

5일 정부와 세무 업계 등에 따르면 재정경제부는 오는 11월까지 진행되는 ‘부동산 세제 합리화 방안’ 연구용역의 중간보고를 이달 또는 다음 달 받을 예정이다. 정부 관계자는 “세법 개정안 마련에 앞서 연구용역 결과를 검토할 계획”이라며 “구체적인 일정은 아직 확정되지 않았다”고 말했다.

이번 연구용역에는 양도소득세 장특공제 정비와 재산세·종합부동산세 등 보유세 개편, 초고가 주택 및 비거주 1주택자에 대한 과세 강화 방안 등이 포함될 것으로 알려졌다. 정부 안팎에서는 실거주 중심의 세제 체계를 강화하는 방향이 유력하다는 관측이 나온다.

가장 먼저 거론되는 방안은 장특공제 개편이다. 현행 제도는 1가구 1주택자가 12억원 초과 주택을 매도할 경우 보유·거주 기간에 따라 양도차익의 최대 80%를 공제해 준다. 하지만 앞으로는 단순 보유기간보다 실제 거주기간을 중심으로 공제 혜택을 부여하는 방향으로 바뀔 가능성이 크다.

그래픽=손민균
그래픽=손민균

국회에는 이미 관련 법안들이 발의돼 있다. 장특공제 혜택을 폐지하는 대신 개인별로 평생 최대 2억원 한도의 양도세 감면 혜택을 부여하는 방안과, 보유기간 공제율을 없애고 실제 거주기간에 따라 최대 80%까지 공제하는 방안 등이 계류 중이다.

보유세 강화 가능성도 제기된다. 시장에서는 정부가 세율 인상보다는 시행령 개정만으로 조정 가능한 공시가격 현실화율과 공정시장가액비율 조정에 우선 나설 것으로 보고 있다. 공정시장가액비율이 높아지면 과세표준이 늘어나면서 재산세와 종부세 부담도 커진다.

등록임대사업자에 대한 세제 혜택 축소 가능성도 거론된다. 정부는 최근 조정대상지역 내 매입임대주택 사업자에게 적용되는 양도세 중과 배제 혜택의 적정성을 검토하고 있다고 밝혔다. 이에 따라 등록임대사업자 관련 세제도 손질 대상에 포함될 수 있다는 전망이 나온다.

시장도 변화 가능성을 주시하고 있다. 세무 업계 한 관계자는 “최근 다주택자 외 1주택자의 보유세 관련 상담이 늘어나고 있다”며 “서울의 경우 이미 공시가격이 올라 세금 부담이 크게 늘어난 상황에서 이번 추가적인 개편이 있을 시 확실히 세금이 부담된다고 생각하는 사람이 많다”고 했다.

전문가들은 세제 개편이 임대차 시장과 주택 공급에 미칠 영향을 면밀히 고려해야 한다고 지적한다. 서진형 광운대 부동산법무학과 교수는 “정부가 집값 안정을 최우선 과제로 두고 있는 만큼 고가주택 보유자와 다주택자에 대한 과세 강화 가능성이 높다”면서도 “세금 부담이 임차인이나 시장으로 전가될 수 있는 만큼 충격을 최소화하는 정교한 설계가 필요하다”고 말했다.

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